A assembleia é o órgão deliberativo da associação onde estão representados os municípios associados e é constituído pelo presidente e por um representante de cada uma das câmaras municipais, designados pelo respetivo executivo.
O conselho diretivo é o órgão executivo da associação e é composto por três membros, um presidente, um vogal e um secretário, eleitos pelos membros da assembleia intermunicipal.